그러나 에콰도르 현지 언론과 SNS를 중심으로 “현직 영부인이 불과 8~9개월 만에 학사 학위를 취득했다”는 의혹이 확산하면서 논쟁이 불붙었다. 일부에서는 실제 학업 기간이 6개월 안팎에 불과했다는 주장까지 제기됐다고 아르헨티나 매체 파히나12가 22일 보도했다. 학위 취득 과정을 보면, 발보네시 영부인은 지난해 6월에 해당 대학 및 자신이 운영하는 재단 간의 협약을 맺은 이후 약 8개월이 지난 시점에서 학위를 수여받았다. 일반 학생들이 여러 해에 걸쳐 학비를 내며 교육을 받는 것과 비교했을 때 이례적이라는 비판이 나오고 있다. 권력에 특혜를 줄 수 있는 구조 아니냐는 지적에 대해 대학 측은 에콰도르 고등교육 규정에서 인정하는 ‘전문 경력 유효화(Validacion de trayectoria profesional)’라는 제도를 적용했다고 설명했다.
대학측은 발보네시 영부인이 웰니스와 피트니스 분야의 인플루언서, 기업인, 재단 경영자로서 축적한 실무 경험과 역량을 학점 인정 대상으로 평가했으며, 이는 관련 법규에 부합하는 적법한 절차라고 주장하고 있다. 여론의 압력이 높아지자 노보아 대통령은 21일 공개 성명을 발표하여 아내에 대한 비판을 “언론의 부당한 집중 공격”이라고 맞섰다. 대통령은 “이 학위는 법적으로 결함이 전혀 없는 정당한 학위”라고 명시하면서, “라비니아는 뛰어난 모성애와 헌신성을 갖춘 여성이며 사회의 많은 여성들에게 모범을 보이고 있다”고 표현했다. 또한 대통령은 자신이 뉴욕대학에서 경영학 학사, 노스웨스턴대학 켈로그경영대학원에서 경영학 석사, 하버드대학 케네디스쿨에서 행정학 석사, 조지워싱턴대학에서 정치커뮤니케이션 석사 등 여러 학위를 소유하고 있음을 언급하면서, “내 현재의 위치로 인도한 것은 학위가 아닌 결단력과 자기 수양”이라고 강조했다.
발보네시 영부인은 23일 현지 매체와의 인터뷰 자리에서 “나의 학위는 누군가의 선물이 아니다”라고 직접 해명했다. 그는 한 학기에 걸쳐 온라인 강의를 이수하면서 과제 제출, 시험 응시, 최종 논문 심사 등 모든 과정을 거쳤다고 설명했다. 경호 상의 이유로 캠퍼스 수업 대신 온라인 방식을 선택했다는 배경도 덧붙였다. 일부에서 제기한 최종 논문의 표절 의혹에 대해 발보네시 영부인은 “대학이 정한 표절 기준인 10% 이내를 만족했으며, 내 논문의 표절율은 7% 미만”이라고 반박했다. 그러면서 “만약 내가 대통령의 배우자가 아니었다면 이러한 논쟁 자체가 발생하지 않았을 것”이라고 덧붙였다. 그럼에도 불구하고 논란의 수위는 잦아들지 않고 있다. UHE의 일부 졸업생들과 학생회 조직은 대학이 심사 과정에 대한 충분한 설명을 제공하지 못함으로써 교육기관의 신뢰성과 학위 수여의 공정성이 훼손되었다고 지적했다. 시민단체들은 국가 고등교육위원회(CES)와 교육부에 대하여 발보네시의 학위 심사 절차와 경력 인정 기준을 모두 공개하고 제3자적 관점에서 독립적인 검증을 시행할 것을 촉구하고 있다.